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麻薬が関係していると見られる殺人事件が発生。

現場の状況、被害者の衣服に付着した遺留物などから、事件に小麦粉が関係していることが分かる。自慢の舌で、その小麦粉がお好み焼きの粉だと見抜いた聖也（東山紀之）は、現場付近のお好み焼き屋をハシゴ。そして、一軒の店に犯人がいると気付く。

やがて、聖也、涼介（森田剛）、京子（市川実日子）の3人は、何者かの罠にはまり倉庫に閉じ込められるが、そこには残り時間10分の時限爆弾が…。時限装置の解除に失敗した3人は、絶体絶命の大ピンチに！

聖宝石強奪事件に絡んだ殺人が発生する中、高野聖也（東山紀之）が金田一少年（須賀健太）の頼みで、出水京子（市川実日子）と一緒に1週間の自由授業参観に出席する。
聖也の目的は美味しい給食をいただくこと。
だが、子供たちに好き嫌いが多いと気付いた聖也は、“もったいないお化け”の話をして、食べ物の大切さを訴える。
そんな中、警備員が、夜の校舎内で怪しい人影を見たと証言。それが“もったいないお化け”だとの噂が流れる。金田一少年は、大好きな木下黎（小池里奈）に、その正体を突き止めるよう頼まれて・・・。